После провозглашения независимости Эстонии в 1918 году и подписания Тартуского мира в 1920 году эстонские староверы потеряли связи с российским старообрядчеством. Для поддержания веры и своего образа жизни возникла необходимость в создании соборного органа, руководящего жизнью всех общин. По переписи 1922 года в Эстонии было около 10000 старообрядцев, компактно проживающих в Причудской волости Тартуского уезда и в небольшом количестве в крупных городах Эстонии – Таллинне и Тарту.

21 ноября 1923 года в моленной деревни Казепель (Казепяэ) Причудской волости состоялось общее собрание старообрядцев Причудья, фактически выполнившее функцию съезда. На нем выступил с докладом Ф.П. Савосткин – авторитетный наставник, бывший до революции 1917 года делегатом на Всероссийском и Прибалтийском съездах староверов. Он имел глубокие познания об устройстве жизни и традициях староверия, и к его словам и советам прислушивались. Встал вопрос о создании общего органа управления старообрядцами, по образцу организационных старообрядческих центров Польши, Литвы и Латвии.

Попытка создания такого органа управления была предпринята на III Съезде старообрядцев в 1924 году, но прежде староверческие общины необходимо было официально оформить. 27 февраля 1925 года в Казепели состоялось собрание представителей старообрядческих общин в Эстонии, а 24 апреля того же года собрался съезд наставников и начетчиков, на котором присутствовали представители пяти общин и около ста человек слушателей. В повестке дня стояли разные вопросы – о браках, замещении наставников, брадобритии и курении, церковном пении, поднятии религиозных чувств верующих, допущении на клирос женившихся, и другие. Обсуждалась возможность создания Союза общин.

В течение 1924–1926 годов в Эстонии оформились 12 старообрядческих общин. Десять из них относились к поморскому согласию: в Таллинне, Тарту, Муствеэ, Кикита, Калласте, Больших Кольках, Казепели, Воронье, Меже, Желачке (две последние на острове Пийриссаар), а две общины – к федосеевскому согласию: в Рая и Малых Кольках.

В 1928 году состоялось два съезда, определивших структуру Старообрядческой Церкви Эстонии. 10 февраля на IV Съезде старообрядцев в Муствеэ была создана специальная комиссия для разработки Устава и основ деятельности Союза общин. С 17 по 19 июля 1928 года в Калласте работал очередной, V Съезд старообрядцев. На нем прозвучали доклады, посвященные насущным проблемам староверия Эстонии: «О поднятии религиозных чувств верующих» (П.П. Баранин), «О богослужении, благочинии, пении» (Ф.П. Савосткин), «Восстановление крестных ходов в торжественные праздники» (И.А. Долгошев), «Преподавание Закона Божия в школах» (Л.С. Мурников), «О праздновании школами праздников по старому стилю» (П.П. Баранин). На соборе были обсуждены канонические, обрядовые и текущие вопросы жизни староверов и вынесены важнейшие решения об упорядочении обрядовой стороны церковной жизни и о принятии Устава Старообрядческой Церкви Эстонии. В результате разрозненные общины слились в единый Союз, который представлял собою самоуправляющуюся организацию с правами юридического лица. Союз старообрядческих общин Эстонии состоял в братском общении со всеми другими Старообрядческими Церквями поморского согласия. На съезде были зачитаны приветствия от староверов Польши, Латвии и Литвы. Духовной основой единения старообрядцев Эстонии стало Евангелие, правила Святых Апостолов и Вселенских соборов, обряды крещения, брака и покаяния.

По Уставу высшим органом власти Союза являлся Съезд (общее собрание) старообрядцев, который должен был проводиться ежегодно Центральным советом старообрядцев Эстонии. По требованию не менее одной трети состоящих в Союзе общин могло созываться и внеочередное общее собрание. Право решающего голоса имели члены Центрального совета, все наставники, а также уполномоченные от общин. Уполномоченные избирались на общих собраниях общин: по два представителя от 500 членов, по три – от 500 до 1000 членов общины, и далее по одному представителю от каждых следующих 500 человек. Наставники, прибывшие без письменных полномочий от своих общин, не имели влияния на решения, принимаемые съездом. Съезд был полномочен решать следующие вопросы: выборы членов Центрального совета старообрядцев, Духовной комиссии, Ревизионной комиссии и других доверенных лиц, а также имел право разбирать все религиозно-нравственные и хозяйственные дела, относящиеся к жизни староверов. Порядок работы общего собрания составлялся заранее и рассылался его участникам за четыре недели до начала съезда. Постановления съезда принимались большинством голосов, а при разделении их поровну решающим был голос председателя Союза. Постановление об исключении общины из состава Церкви (Союза) могло быть принято числом голосов, превышающим две трети присутствующих на съезде уполномоченных.

На V Съезде был избран первый Центральный совет старообрядцев Эстонии в составе Е.Я. Гришакова (председатель), З.А. Кузнецова (секретарь), П.П. Баранина, Ф.Ф. Пруссакова, И.А. Долгошева (члены Совета). Местонахождением Совета определили город Тарту. Для решения вопросов, связанных с духовной и нравственной жизнью староверов, на соборе была избрана Духовная комиссия. Она состояла из трех членов – Ф.П. Савосткина, С.А. Кузнецова и Г.Я. Сыщикова. В Ревизионную комиссию вошли Ф.Ф. Павлов, К.А. Малышев, Л.С. Мурников. Протокол V Cъезда старообрядцев Эстонии вместе с текстами докладов и Уставом был опубликован.

После V Съезда, в период с 1929 по 1939 год, состоялось 9 старообрядческих съездов. Они посвящались обсуждению канонических и текущих, в том числе хозяйственных, дел эстонского старообрядчества. Много внимания уделялось воспитанию молодежи в староверческом духе и привлечению ее к вере. Важная роль в решении этой задачи отводилась духовному пению. На VI Cъезде старообрядцев (Тарту, 1929 год) шла речь о создании общей для Балтии школы наставников и об организации специального духовного образования для детей старообрядцев.

До середины тридцатых годов было обеспечено широкое представительство общин на соборах. Почти на всех съездах присутствовали почетные гости. Среди них были, например, заместитель председателя Высшего старообрядческого совета в Польше Б.А. Пимонов, председатель Духовной комиссии старообрядцев Латвии наставник А.И. Екимов, члены рижского Кружка ревнителей старины во главе с И.Н. Заволоко, и другие.

До 1936 года съезды проходили регулярно. VI Съезд состоялся 3–4 ноября 1929 года в Тарту; VII Съезд – 19–20 октября 1930 года в деревне Воронья; VIII Съезд был проведен 11–12 июля 1931 года, в дни праздника Петра и Павла, на острове Пийриссаар; IX Съезд – 11–12 июля 1933 года в деревне Межа на Пийриссааре; Х Съезд работал 15–16 августа 1934 года в деревне Большие Кольки; XI Съезд – 12 февраля 1935 года в Тарту; ХII Съезд собрался 23–24 июня 1936 года в Таллинне.

XI Съезд был посвящен принятию нового Устава Союза старообрядческих общин в связи с новым законом о религиозных союзах в Эстонии (от 13 декабря 1934 года). Кроме того, на повестку дня были поставлены текущие дела. На XII Съезде 1936 года правление Союза было перенесено из Тарту в Таллинн.

В течение двух с половиной лет съезды не собирались. Находящаяся в отдалении от Таллинна основная масса причудских старообрядцев была недовольна создавшейся ситуацией. XIII Съезд был созван в конце декабря 1938 года в деревне Кикита. Председатель Центрального совета старообрядцев Эстонии П.П. Баранин прочел доклад о деятельности Союза за последние два с половиной года, вызвавший нарекания делегатов. В новый Совет тайным голосованием были избраны К.А. Малышев, Л.Е. Гришаков, Х.С. Березин, Е. Кульков, П. Савосткин, А. Арташев, Г. Венчиков и В. Софронов. Был рассмотрен вопрос об изменении § 25 Устава Старообрядческой Церкви Эстонии об обязательности присутствия председателя правления Союза при вынесении решения Совета. Были заслушаны доклады о деятельности Тартуской, Таллиннской и Кикитовской старообрядческих общин. По решению Съезда местопребывание правления было перенесено из Таллинна в город Муствеэ. На заседании Совета Союза в новое правление были избраны Х.С. Березин (председатель), Е. Кульков (секретарь), Г. Венчиков (казначей). На заседании правления в начале января 1939 года председателем Совета Союза избрали Л.Е. Гришакова.

Последний, XIV Съезд старообрядцев состоялся 5 июля 1939 года в Муствеэ. После лекции колецкого наставника «История христианской церкви» обсуждался проблема отхода молодежи от веры и Церкви. Был поднят вопрос об обращении старообрядцев в баптизм в деревне Кикита, где моленные старообрядцев и баптистов находились рядом. Слово-проповедь произнес наставник К.Р. Портнов из Риги.

С 1940 по 1991 год Союз старообрядческих общин Эстонии не действовал, съезды официально не собирались. Тем не менее религиозная жизнь староверов в этот период не прекращалась. В июле 1958 года в Казепяэ прошел неофициальный собор духовных отцов старообрядческих общин Эстонии.

Союз старообрядческих общин Эстонии был восстановлен в 1995 году. В него вошли 11 зарегистрированных общин: четыре городские (в Таллинне, Тарту, Муствеэ, Калласте) и семь деревенских общин (в Рая, Кикита, Малых Кольках, Больших Кольках, Казепяэ, Варнья, на острове Пийриссаар).

С 1995 года старообрядческие съезды собирались нерегулярно. 24 ноября 1998 года на состоявшемся в Калласте общем собрании общин председателем Союза старообрядческих общин Эстонии был избран Павел Григорьевич Варунин, заместителем – Владимир Лаврентьевич Гришаков, секретарем – Павел Петрович Варунин. С этого времени съезды старообрядцев проходят регулярно в Калласте, обычно в декабре.