Исторические источники относят появление первых старообрядцев из России в Северной Эстонии (Эстляндии), близ города Нарвы, к концу XVII века, а в Южной Эстонии (Лифляндии), на землях мызы Ряпина (Räpina), – к началу XVIII века. В 1710 году в окрестностях Ряпина, на реке Выханду (Võhandu), старообрядцы федосеевского согласия (федосеевцы) основали монастырь. В 1718 году его настоятель Константин Федоров перешел на сторону новоoбрядцев, и вскоре в монастырь по доносу была вызвана воинская команда. Нескольких старообрядцев арестовали, и в 1722 году ряпинские скиты были уничтожены. Часть спасшихся староверов обосновалась в деревне Черной (Mustjõe) неподалеку от Нарвы, большинство же осело в западном Причудье и Дерпте (Tartu).

В XVIII веке началось строительство староверческих деревянных моленных. Достоверно известно об открытии моленной в деревне Кикита (Kükita) в 1740 году. К началу XIX века были моленные в городах Ревеле (Tallinn) и Дерпте, в деревнях Черный посад (Мustvee, Муствеэ), Красные Горы (Kallaste, Калласте), Кольки (Kolkja, Колькья), Казепель (Kasepää, Казепяэ), Воронья (Varnja, Варнья), Межа (Piiriküla). В Южной Эстонии старообрядцы проживали компактно в 19 деревнях Дерптского уезда, расположенных по берегу Чудского озера на землях имений Айа (Ahja), Алатскиви (Alatskivi), Вотикфер (Võtikvere), Кавасту (Kavastu), Кастер (Kastre), Кокора (Kokora) и Флемингсгоф (Laius-Tähkvere) – всего около 3000 человек. В самом Дерпте в этот период насчитывалось около 150 староверов.

В Северной Эстонии староверческое население концентрировалось до середины XIX века в двух основных центрах: на северо-западе – в Ревеле и на северо-востоке – вдоль северного побережья Чудского озера (Олешница, эст. Alajõe), а также в деревнях Черная и Уха (Uhha) близ Нарвы. С 1827 по 1857 год старообрядческое население Эстляндии (современная Северная Эстония) сократилось с 208 до 27 человек. Таллиннская (Ревельская) община сократилась почти в 6 раз по сравнению с 1811 годом, но до начала 1870-х годов в Таллинне еще действовала моленная и имелось кладбище с богадельней. Во второй половине XIX века староверы не селились на северном берегу Чудского озера, однако в 1880-е годы они появились в окрестностях Нарвы в Кренгольме, что связано с развитием легкой промышленности в этом районе. В конце ХIХ века на Йоальской мануфактуре работал 91 рабочий-старовер. Почти исчезнувшее из Эстляндии староверческое население к концу столетия стало постепенно расти за счет старообрядцев, приехавших из других местностей.

Во время правления Николая I репрессивная правительственная политика проводилась в отношении старообрядческого населения не только внутренних российских, но и прибалтийских губерний. Начиная с 1820-х годов в Эстонии велся строгий ежегодный учет численности старообрядцев, запрещалось строительство новых молитвенных домов, закрывались старые храмы. В Таллинне продолжала существовать моленная при кладбище, но было строжайше запрещено приписывать к ней новых членов. В причудских деревнях все моленные, кроме моленной в Казепяэ, были опечатаны. Некоторые старообрядческие наставники, уличенные в критике православия, агитации в пользу староверия или перекрещивании православных, были отправлены в православные монастыри или высланы в Везенберг (Rakvere, Эстляндия). Потерпев неудачу привить причудским старообрядцам никонианскую веру, правительство с начала 40-х годов XIX века стало насаждать единоверие. В 1848 году в Черном посаде (Муствеэ) в здании запечатанной моленной была открыта единоверческая часовня, освященная в 1849 году в церковь. Сюда было передано реквизированное имущество староверческих моленных Кикита и Муствеэ.

После смерти Николая I положение староверов несколько улучшилось, но их моленные по-прежнему являлись полулегальными. В 1860-е годы староверы, воспользовавшись более либеральной политикой правительства, стали возводить новые моленные, но только в 1883 году власти официально разрешили их строительство и ремонт – правда, с определенными ограничениями. В этот период обновились моленные в Тарту, Рая (Raja, Раюши), Кикита, Калласте и Казепяэ. Староверческих наставников или специально избранных от общины лиц обязали вести шнуровые метрические книги, бывшие ранее в ведении волостных или полицейских управлений. Книги скреплялись особыми печатями с названиями староверческих обществ.

Развитие капиталистических отношений наложило свой отпечаток на жизнь староверов Эстонии. Многие из них стали работать на промышленных предприятиях в городах, например на Кренгольмской мануфактуре в Нарве. В конце XIX века небольшая Таллиннская община (46 человек по всероссийской переписи населения 1897 года) пополнялась в основном за счет приезжих староверов. Более быстрыми темпами в этот период росло старообрядческое население Тарту (438 человек), что объяснялось притоком староверов из близлежащих причудских деревень.

Начало ХХ века ознаменовалось принятием важных для старообрядцев законов о свободе вероисповедания (17 апреля 1905 года) и порядке организации старообрядческих общин (17 октября 1906 года). С 1907 по 1913 годы было официально зарегистрировано шесть общин: Юрьевская (поморская), Черновская (поморская), Красногорская (старопоморская), Колецкая (поморская), Малоколецкая (федосеевская), Казепельская (старопоморская). Были построены или отремонтированы моленные в Казепяэ, Варнья и Меже, построен храм в Раюшах, который великолепно оформил Гавриил Ефимович Фролов – знаменитый иконописец и ревнитель старины. Началось постепенное приобщение старообрядцев к общественной и политической жизни. В 1906 году воронейский наставник К.Т. Красовский участвовал в съезде старообрядцев Северо-западного края в Вильнюсе. В 1909 году наставник Ф.П. Савосткин представлял причудских староверов на I Всероссийском соборе старообрядцев в Москве.

В начале ХХ века консервативные политические силы стремились привлечь староверов Эстонии на свою сторону. В 1907 году на острове Пийриссаар православным священником А. Лебедевым был образован отдел Союза русского народа, куда входили не только православные, но и старообрядцы. Все же журнал прибалтийских староверов «Старая Русь», издаваемый в Риге, призывал голосовать за прогрессивные партии на выборах в Государственную Думу в 1912 году.
Начало I Мировой войны привнесло в налаженный быт староверов много изменений. Часть мужчин призвали в действующую армию солдатами (право получить офицерский чин, не переходя в православие, старообрядцы получили только в январе 1917 года). Уменьшение работоспособного мужского населения, приток в Эстонию беженцев и раненых привели к ухудшению экономического положения.

В марте 1917 года, после Февральской революции, Эстляндская губерния приобрела новые границы и воссоединилась с частью Лифляндской губернии, населенной эстонцами, – Тартумаа, Вырумаа, Вильяндимаа, Пярнумаа и Сааремаа. Встал вопрос об автономии Эстонии. В связи с этим весной 1917 года состоялись собрания представителей русских деревень в Тартумаа, куда входили причудские деревни с русским населением. Была послана делегация в Петроград с ходатайством об автономии края и выделении Причудья в особую административную единицу в пределах Российской империи – Причудский русский уезд. В состав депутации от Муствеэской общины был избран старообрядец П.П. Баранин. В результате падения Временного правительства и поражения российской армии на Западном фронте Эстония в феврале 1918 года объявила себя независимой республикой. В феврале 1920 года в Тарту между Эстонией и Советской Россией был заключен мирный договор, по которому Причудье и Печорский край отошли к Эстонии. Начался новый этап в развитии старообрядчества Эстонии как равноправного национального и конфессионального меньшинства. Старообрядцы впервые получили право участвовать в выборах в парламент. Старообрядец П.П. Баранин был избран депутатом от Причудского края во второй (1923–1926 годы) и третий (1926–1929 годы) составы Государственного Собрания (Riigikogu) Эстонии. Некоторые старообрядцы входили в Русский национальный союз и Русскую крестьянскую трудовую партию.

В течение неполных двадцати лет прошло 14 Старообрядческих съездов. К 1926 году, согласно новому закону Эстонии об обществах, прошли перерегистрацию 12 староверческих общин Эстонии − в Таллинне, Тарту, Муствеэ, Рая, Кикита, Калласте, Колькья (две общины), Казепяэ, Варнья, Пийрикюла (Меже) и Саарекюла (Желачке). В этот период в Эстонии было около 10000 старообрядцев. В июле 1928 года на V Старообрядческом съезде в Калласте был принят Устав Старообрядческой Церкви (Союза) Эстонии и создан Центральный совет в составе Е.Я. Гришакова, З.А. Кузнецова, П.П. Баранина, Ф.Ф. Пруссакова, И.А. Долгошева, Д.С. Блохина. В Духовную комиссию были избраны наставники Ф.П. Савосткин, С.А. Кузнецов, Г.Я. Сыщиков, в Ревизионную комиссию − Ф.Ф. Павлов, К.А. Малышев, Ф.И. Кисляков. В 1936 году произошла перерегистрация Устава. Центральный совет Старообрядческого союза с 1928 года находился в Тарту, с 1936 года – в Таллинне и с конца 1938 года – в Муствеэ.

В 1930-е годы старообрядчество оказывало в целом большое влияние на русское население Причудья. Но все же на старообрядческих съездах с тревогой говорилось о тенденциях к нарушению исконно-русского уклада жизни. Необходимо было прилагать большие усилия для поддержания традиций и веры, пробуждать в молодежи интерес к своим корням. Эту цель преследовал староверческий кружок молодежи, работавший с 1932 по 1940 год в Тарту под руководством З.А. Кузнецова и Л.Е. Гришакова. В этом кружке молодые люди не только слушали доклады и изучали историю старообрядчества, но и под руководством И.С. Кулева обучались крюковому пению. Культурно-просветительские курсы были организованы в Муствеэ и Кикита.

Начало 1930-х годов ознаменовалось открытием самой большой в Эстонии моленной в Черном посаде. Была построена новая моленная в Таллинне, надстроена колокольня молитвенного храма в Тарту, обновлена моленная в Кикита. Было завершено обустройство и убранство красивейшего в Эстонии Раюшского храма, расписанного Г.Е. Фроловым с учениками. Староверческие общины Эстонии регулярно общались с духовным центром балтийских староверов – Рижской Гребенщиковской общиной. В Эстонию несколько раз приезжал рижский староверческий хор и выдающийся деятель прибалтийского старообрядчества Иван Никифорович Заволоко. Здесь он записывал духовные стихи и выступал с чтением лекций. Получила широкую известность иконописная мастерская Г.Е. Фролова. Его ученик П.М. Софронов перед началом II Мировой войны был приглашен в Ватикан для иконописных работ. Выходили книги, посвященные знаменному пению и духовной жизни старообрядцев.

Установление советской власти в 1940 году и немецкая оккупация 1941–1944 годов нанесли непоправимый урон староверию Эстонии. Многие старообрядцы стали жертвами репрессий, их дома были национализированы. В русской периодической печати Эстонии и на местах началась агрессивная атеистическая пропаганда. В Причудье были созданы кружки воинствующих безбожников.

В 1940 году часть старообрядческих семей была выслана в Сибирь. В начале II Мировой войны некоторые семьи были эвакуированы из Причудья в тыл СССР, а часть оказавшегося в зоне немецкой оккупации староверческого населения была вывезена на работу в Германию или отправлена в лагеря. Во время войны сильно пострадали храмы. В июле 1941 года от зажигательной бомбы сгорела моленная в Тарту. В ходе военных действий были сожжены моленные в Меже и Кикита, старая церковь в Муствеэ, а в 1944 году погиб храм в Рая. Перед приходом советских войск, боясь новых репрессий, некоторые староверы бежали на Запад и позже оказались во Франции, Швеции, США и Канаде.

В первые послевоенные годы, несмотря на трудные условия жизни, жесткие ограничения и репрессии за нежелание староверов вступать в колхозы, в Причудье заново были отстроены моленные. Наставников обязали фиксировать прихожан, а сами они находились под строгим контролем органов внутренних дел и уполномоченного Совета по делам религий при Совете Министров СССР в Эстонской ССР. Моленные посещали в основном женщины и старики. Причудье пустело, молодежь перебиралась в города. Велась широкая антирелигиозная пропаганда, старообрядцы высмеивались как темные и отсталые люди.

Возрождение старообрядчества стало возможным с восстановлением независимости Эстонии в 1991 году. В 1995 году после многолетнего перерыва продолжил работу Союз старообрядческих общин Эстонии. Была восстановлена пятидесятиметровая колокольня в Рая, началась реставрация уникальных книг из библиотеки Раюшской моленной. В Колькья, Варнья и Муствеэ были организованы музеи старообрядческого быта. В школах Причудья детям староверов начали преподавать церковно-славянский язык и Закон Божий. Многолюдные престольные праздники устраивались в Таллинне, Муствеэ, Кикита, Калласте, Колькья, Казепяэ, Варнья и на острове Пийриссаар. Проведение праздников финансировалось государственными фондами Эстонии.

Об интересе к староверию и поддержке его со стороны различных организаций свидетельствуют многие факты. В апреле 2000 года в Тартуском университете был проведен международный научный семинар «Русские староверы за рубежом», труды которого вошли в специальный сборник с одноименным названием. Фильм об эстонских старообрядцах режиссера П. Симма прошел по телевидению и был показан на многих научно-культурных мероприятиях. В 2003–2004 годах под руководством председателя Общества культуры и развития староверов П.Г. Варунина был осуществлен проект «Исследование культуры русских староверов». Проект финансировался Фондом развития предпринимательства в рамках Программы местной инициативы. Результаты работы представлены в сборнике «Очерки по истории и культуре староверов Эстонии» (Тарту, 2004). Эстонский научный фонд выделил средства на проекты по изучению староверия.

Тем не менее десятилетия атеистического воспитания дают о себе знать. В некоторых моленных нет мужчин-наставников и богослужения проводят женщины. Недостает знатоков знаменного пения. Молодежь приходит в храм только по праздникам. Выросшие на антирелигиозной пропаганде родители не прививают своим детям интерес к изучению церковной грамоты и стремление к соблюдению старообрядческих традиций. Прихожане больше заботятся о личном благополучии, чем об обустройстве храма, надеясь на помощь государства. По сравнению с довоенным временем число старообрядцев уменьшилось вдвое − 5000 вместо 10000 человек. Исчезла староверческая община в деревне Межа. В Эстонии не выходят староверческие газеты и журналы. Постепенное превращение Причудья в туристический край вторгается в традиционную религиозную жизнь староверов.

Установление российско-эстонской границы и развал богатых рыболовецких колхозов привели к потере рынка в Петербурге и возникновению безработицы среди жителей Причудья. Сократились традиционные места лова рыбы в Чудском озере, ловить рыбу разрешено только на расстоянии 12 километров от эстонского берега. Из-за трудностей со сбытом выращенных овощей площадь обрабатываемой земли уменьшилась в восемь раз. В определенном смысле можно говорить о повторении экономической ситуации 1920–1940 годов. Как и всей Эстонии, Причудья коснулась демографическая проблема старения населения. За период с 1955 по 1965 год основная часть молодежи уехала в города Таллинн и Тарту, уже с 1970 года на острове Пийриссаар нет школы. Молодежь продолжает уезжать из Причудья и в настоящее время.

Но если вспомнить, что староверие Эстонии за свою историю не раз переживало кризисные периоды и выходило из них, можно надеяться, что религиозная жизнь в общинах не прервется и традиция староверия в Эстонии не исчезнет.