Временем возникновения Каунасской староверческой общины считается начало XIX века, когда местные жители-староверы устроили молитвенный дом. Позже наступили десятилетия всяческих притеснений со стороны властей, вовлечения в единоверие, лишений и бесправия. Лишь с предоставлением старообрядцам свободы вероисповедания община получила возможность возвести долгожданный храм. Строительство капитального каменного здания с колокольней завершилось в мае 1906 года.

Храм был освящен во имя Святителя Николы. 100-летняя история Каунасского Свято-Никольского староверческого храма вместила многие события и людские судьбы. С ним непосредственно связаны вселитовские съезды старообрядцев, проводившиеся в Каунасе в 20–30-х годах, успешная работа духовных курсов, другие плодотворные начинания общины. На пользу храма положили душевные силы Алексей Лущин – организатор строительства, наставники А.Селюгин, Ананий Петров, Николай Козловский – духовный отец в 1918–1950 годах, Иосиф Никитин, отдавший служению в общине более 40 лет, Владимир Панцырев, председатели общины Симеон Козловский, Петр Панкратьев, головщики Петр Линев, Прохор Константинов, ныне здравствующие наставник Иван Федоров, Федор Колосов – бывший председатель общины.

В почетном ряду имена выдвиженцев общины, руководителей Центрального Совета старообрядцев Литвы, избиравшегося в 1922+1938 годах: братьев Василия и Ивана Прозоровых, депутата Литовского Сейма Евтихия Ерина, Аристарха Ефремова.

Сегодня Каунасская община, как и прежде – одна из крупнейших в Литве, насчитывает около 4000 прихожан. Многие из них собрались 22 мая текущего года в Свято-Никольском храме, который был переполнен.Состоялось торжественное богослужение, посвященное памяти перенесения мощей Святителя Николы и 100+летию храма. Службу возглавили наставники Иван Ефишов (Вильнюс), упомянутый Иван Федоров, Евгений Лебедев (Клайпеда), Тимофей Семенов (Укмерге). Участники богослужения совершили крестный ход.

Затем председатель совета Каунасского общины Федор Пономарев произнес праздничное слово, напомнил об основных вехах пути, пройденного общиной. Собравшихся в храме сердечно поздравили наставник Иван Ефишов, председатель Укмергерской общины Арсений Никитин, председатель совета Зарасайской общины Фотиния Куракина.

В канун 100-летия храма семья председателя общины Федора Артемьевича Пономарева передала в дар общине большую икону – образ Святителя Николы, написанный вильнюсским иконописцем Георгием Яковлевым. Икона установлена в стене колокольни и необычайно украшает обновленный к празднику храм.